Pracoviště NPÚ v hlavním městě Praze realizuje vlastní skromný ediční plán, zaměřený na různorodé pražské památky stavebně historické či archeologické povahy nebo na významné osobnosti s Prahou spojené. Pro rozšiřování archeologické pramenné základny k pokračujícímu poznávání vývoje Prahy slouží edice APDP – Archeologické prameny k dějinám Prahy (ISSN 1803-232X). Odborní pracovníci jiných odborů pracoviště nejčastěji publikují u externích vydavatelů, kteří jsou schopni zajistit administrativu a finanční krytí vydávaných knih (např. edice Pražské vily aj.).